Sus primeras fases constructivas se fechan entre 1551 y 1556. Fray Pedro de Angulo es mencionado como el primer prior.
Para su construcción y posterior puesta en uso se requirió mano de obra indígena. Tanto esta como los materiales fueron proporcionados por el cacique Juan Aj Pop’o Batz.
Algunas intervenciones se ejecutaron entre 1853 y 1857 bajo la dirección de Fray Francisco Avellana. Entre 1917 y 1918 se completó todo el entechado bajo la dirección de la Municipalidad.